યામુનાચાર્યની ૧૨ વર્ષની ઉમર જોઈ રાણી અને રાજા વચ્ચે મતભેદ થઇ ગયો. રાણી યામુનાચાર્યના પક્ષમાં રહી અને રાજા કોલાહલના પક્ષમાં. રાણીએ કહ્યું યામુનાચાર્યનો જ વિજય થશે, જો ન થાય તો હું મહારાજાની દાસીની દાસી બની જાઉં. રાજાએ કહ્યું કે વિજય તો કોલાહલનો જ થશે અને જો કોલાહલનો પરાજય થાય અને યામુનાચાર્યનો વિજય થાય તો મારું અડધું રાજ્ય યામુનાચાર્યને આપી દઉં.
યામુનાચાર્ય રાજ્યસભામાં હાજર થયા અને સભામાં શાસ્ત્રાર્થનો પ્રારંભ થયો. યામુનાચાર્યે કોલાહલ પંડિતને ત્રણ પ્રશ્ન પૂછ્યા: (૧) ‘તમારી માતા વધ્યા નથી’ આ વાતનું ખંડન કરો, (૨) ‘પાંડયાધીશ ધર્મશીલ છે’ આનું ખંડન કરો, (૩) ‘રાણી સાવિત્રીની જેમ સાધ્વી છે’ આનું પણ ખંડન કરો.
આ ત્રણ પ્રશ્ન સાંભળીને કોલાહલ પંડિત તો વિચારમાં પડી ગયા અને એક પણ પ્રશ્નનો જવાબ આપી શક્યા નહી. અંતે ત્રણ પ્રશ્નોના જવાબ યામુનાચાર્યે આપ્યા અને તેનો વિજય ઘોષિત કરાયો. નિયમ પ્રમાણે રાજાએ યામુનાચાર્યને અર્ધા રાજ્યનો ભાગ આપ્યો.
યામુનાચાર્યે ઘણા વર્ષો સુધી ન્યાય- નીતિથી રાજ્ય સંભાળ્યું. તેમના પિતામહ નાથમુનિ સંન્યાસી હોવા છતાં પણ યામુનાચાર્યની મંગળકામના કરતા રહેતા. નાથમુનિનો અંતિમ સમય આવ્યો ત્યારે તેમના શિષ્ય રામમિશ્રને બોલાવી કહ્યું કે યામુનાચાર્ય રાજભોગના વિષયમાં મગ્ન થઈને પોતાનું કર્તવ્ય ભૂલી ન જાય તેની જવાબદારી આપને સોપું છું.
શ્રીયામુનાચાર્ય જયારે ૩૫ વર્ષના થયા ત્યારે ભક્ત રામમિશ્ર યામુનાચાર્ય પાસે ગયા અને કહ્યું, મહારાજ! આપના પિતામહ આપને માટે બહુ મોટી સમ્પત્તિ છોડી ગયા છે. તેને લેવા માટે આપ મારી સાથે ચાલો. રાજાને પણ રામમિશ્ર પર પુરો વિશ્વાસ હતો. તેની સાથે ગયા. રામમિશ્ર તે બહાને યામુનાચાર્યને શ્રીરંગનાથના મંદિરમાં લઈ ગયા. રસ્તામાં રામમિશ્રનો થોડો સત્સંગ થયો તેથી યામુનાચાર્યના હૃદયમાં ભગવત્ ભક્તિ અને વૈરાગ્ય ઉત્પન્ન થયો. રામમિશ્રના ઉપદેશથી ઘણો પ્રભાવિત થયા અને તે દિવસથી રાજપાટ છોડી શ્રીરંગનાથના સેવક બની ગયા. આજે તેમને સાચું ધન મળી ગયું; તેમણે પોતાનું બાકીનું જીવન ભગવાનની સેવા અને ગ્રન્થોની રચના કરવામાં વિતાવ્યું.
યામુનાચાર્યએ સંસ્કૃતમાં ચાર ગ્રન્થોની રચના કરી – (૧) સ્તોત્રરત્ન (૨) સિદ્ધિત્રય (૩) આગમપ્રામાણ્ય અને (૪) ગીતાર્થસંગ્રહ. તેમાંથી સૌથી પ્રધાન અને અદ્વિતીય ગ્રન્થ સિદ્ધિત્રય છે. આ ગ્રન્થ ગદ્ય અને પદ્યમાં લખાયેલો છે. આમાં યામુનાચાર્યની દાર્શનિક પ્રતિભાનો વિકાસ દેખાઈ આવે છે. તેમણે આ ગ્રંથમાં વિશિષ્ટાદ્વૈતનું પ્રતિપાદન કર્યું છે.
શ્રીયામુનાચાર્ય શ્રીરામાનુજાચાર્યના દાદાગુરુ હતા. શ્રીયામુનાચાર્યોને તેમના ઉપર ઘણો પ્રેમ હતો અને શ્રીરામાનુજાચાય પણ તેમના પ્રત્યે અતૂટ ભક્તિભાવ રાખતા હતા. શ્રીયામુનાચાર્યે અંત સમયે શ્રીરામાનુજાચાર્યને બહુ યાદ કર્યા; પરંતુ શ્રીરામાનુજાચાર્યના આવ્યા પહેલાં જ દિવ્યધામ સિધાવી ગયા. તેમના મનમાં રહેલા ત્રણ સંકલ્પો શ્રીરામાનુજાચાર્યે પૂર્ણ કર્યા.
આ મત પર શ્રી યામુનાચાર્ય સિદ્ધાન્ત આ પ્રમાણે છે
જગત્ : ૧.જગત્ જડ છે, ૨. જગત્ બ્રહ્મનું શરીર છે, ૩. જગત્ બ્રહ્મની લીલા છે, ૪. જગત્ બ્રહ્મનું પરિણામ છે.
જીવ : ૧. જીવ ચેતન છે, ૨. જીવ પણ બ્રહ્મનું શરીર છે,૩. જીવ અલ્પજ્ઞ છે, ૪. કૃપણ છે,
૫. દુઃખ શોકમાં ડૂબેલો છે, ૬. જીવ અણુ છે, ૭ જીવ અંશ છે.
ઈશ્વર : ૧. ઈશ્વર ચેતન છે, ૨. બ્રહ્મ બન્નેના શરીરી (આત્મા) છે, ૩. ઈશ્વર સર્વજ્ઞ, ૪ સત્યસંકલ્પ,
૫. અસીમ સુખસાગર છે, ૬. ઈશ્વર વિભુ છે, ૭. ઈશ્વર અંશી છે.